El cangrejo está sujeto a una variedad de infecciones virales y bacterianas, algunas específicas del organismo y otras intercambiadas entre crustáceos que infestan al cangrejo, tanto en el medio natural como en cultivo las más comunes son: Vibrio parahemolytico, Pseudomonas entre los aspectos a valorar están: las áreas que afecta, los efectos en el huésped o cuerpo que lo aloja, síntomas y las consecuencias.

La vibriosis: es una enfermedad en los cangrejos causada por una bacteria llamada Vibrio parahemolytico que no presenta cápsula ni espora pertenece al tipo gramnegativo (es decir bacterias de color rosado) y se caracteriza por tolerar la sal común por lo que se desarrolla en el agua del mar y puede crecer  normalmente en ácidos alcalinos en medios ligeramente básicos. Su aparición está asociada al consumo de especies marinas, afecta a los cangrejos en lo denomina hemolinfa o líquido circulatorio que contiene sustancias nutrientes que mantienen saludable a dichos crustáceos, atacando en branquias el corazón entre otros tejidos, lo que causa formación de nódulos, coagulación interna de la hemolinfa causando adormecimiento y debilidad. Estos cangrejos contaminados son capaces de causar gastroenteritis en los seres humanos al contraerla en la ingesta de estos deliciosos decápodos. Así como diarrea, dolor abdominal, vómitos, fiebre, dolor de cabeza y escalofríos.

Para prevenir  brotes de esta bacteria es necesario usar una densidad de siembra moderada, manejo cuidadoso y mantenimiento de buena calidad del agua; desinfectar los tanques con una solución de 15 y 20 ppm; remojar los instrumentos en una solución de polvo blanqueador de 50 ppm durante 1 hora; esterilizar el agua empleada en la preparación de agua salobre con una solución de 10 ppm de polvo blanqueador; dosificar los estanques con 1 ppm de terramicina.

Tratamiento: dosificar estanques con 2 y 3 mg/litro de terramicina o 1 mg/litro de norfloxacina una vez al día durante 3 a 5 días; utilizar alimento medicado con terramicina (0,1 y 0,2 g/kg de peso corporal) por uno o dos periodos de 7 días de duración

La úlcera del caparzón: Es una enfermedad causada por diversas bacterias como la Vibrio Pseudomonas, Aeromonas, Spirillum, Flavobacterium.; Estas bacterias están presentes en el suelo y el agua en todo el planeta y crecen en áreas muy húmedas, es un género de bacilos rectos o ligeramente curvados, que causan erosión o desgaste del exoesqueleto, especialmente de quelípedoso (pinzas) y directamente en el caparazón. Estas Infecciones pueden causar necrosis interna de tejidos y muerte. Por consiguiente la apariencia de un cangrejo seria un Exoesqueleto blando y ennegrecido, las extremidades se van dañando poco a poco y úlceras negras se extienden a todos los segmentos del área dorsal central; apareciendo manchas blancuzcas en la placa toráxica, asimismo se observan membranas y músculos a través de los huecos podridos en el caparazón. Esta condición también es llamada enfermedad de la concha.

Para proteger los cultivos es recomendable los siguientes consejos: manejar con cuidado; proporcionar una nutrición balanceada; evitar contaminación de metales pesados; dosificar estanques con 15 y 20 ppm de cal viva; mantener una buena calidad del agua y una profundidad razonable de sedimentos (5–10 cm).

Tratamiento: dosificar estanque con 2 ppm de polvo de cloro y usar tratamiento medicados (sulfonamidas a 0,1 y 0,2% del alimento) durante 3 y 5 días; dosificar estanque con 2,5 y 3 ppm de terramicina una vez al día durante 5 y 7 días; usar alimento medicado (0,05 y 0,1% de terramicina) por 1 y 2 semana.

Temblor o titireteo: Aunque esta enfermedad es viral y bacteriana causa que las extremidades de los cangrejos tiemblen convulsivamente o se paralicen;  presentando en un principio movimientos lentos; y por ende menor respuesta a estímulos externos;  perdiendo el apetito hasta quedar inertes; se puede cambios de color en su apariencia físicas como por ejemplo las branquias las cuales se tornan de color negruzcas, grisáceas o blancuzcas; sus  músculos se ponen rojizos y el hígado y páncreas se pudre y proceden mal olor.     Prevención: desinfección total del estanque; eliminar el exceso de sedimentos; sembrar algas; mantener una buena calidad del agua y alimentación balanceada se sabe que hasta el momento ningún tratamiento es efectivo.

Para la prevención de enfermedades en cangrejos en cultivo es fundamental realizar ciertas prácticas relativas al manejo, tales como evitar la escasez de alimentos, sobre población y falta de oxígeno (estresantes comunes). Además, es importante aislar los estanques de cuerpos de agua cercanos, sembrar los estanques con larvas libres de enfermedades provenientes de hatcheries, educar a los productores sobre mejores prácticas, y evitar la práctica de criar varias especies juntas en un solo estanque.